lncRNA后续优化

F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\6-pfam_scan.pl\PfamScan\PfamScan

运行

如果 hmmscan.exe 位于 **F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\5-pfam\hmmer_RMP\src**，你可以通过 绝对路径 让 pfam_scan.pl 正确调用它，有两种方法：

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方法 1：直接指定 -hmmscan 参数

在运行 pfam_scan.pl 时，使用 -hmmscan 参数指定 hmmscan.exe 的完整路径：

perl pfam_scan.pl -fasta fixed.fa -dir hmm -out results.txt -hmmscan "F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\5-pfam\hmmer_RMP\src\hmmscan.exe"

👉 注意：

• 确保路径 无空格或中文字符（最好换成英文路径）。
• **Windows 必须用 \ 或 /**（但不能混用）。

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方法 2：临时添加到 PATH（当前终端有效）

在 PowerShell 中临时添加 hmmscan.exe 所在路径：

$env:PATH += ";F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\5-pfam\hmmer_RMP\src"
perl pfam_scan.pl -fasta fixed.fa -dir hmm -out results.txt

⚠️ 注意：

• 关闭终端后 PATH 会重置，如需永久生效，请使用 方法 3。

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方法 3：永久添加到系统 PATH（推荐）

Windows 10/11：

1. 打开系统环境变量设置：
   • 右键 “此电脑” → “属性” → “高级系统设置” → “环境变量”。
2. **编辑 PATH**：
   • 在 “系统变量” 中找到 PATH → “编辑” → “新建”。
   • 添加：

     F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\5-pfam\hmmer_RMP\src

3. 保存并重启终端。

验证是否生效：

hmmscan.exe -h  # 应该能正常输出帮助信息

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可能遇到的问题

1. 路径含中文或空格

如果路径包含 中文/空格，如：

F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\蛋白分析\hmmer软件\src

✅ 解决方案：

• 换成纯英文路径（移动 hmmscan.exe 到简单路径）。
• 用双引号包裹路径：

  -hmmscan "F:\lncRNA\蛋白分析\hmmer软件\src\hmmscan.exe"

2. 仍然报错 “Command not found”

检查：

1. 路径是否正确：

   Test-Path "F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\5-pfam\hmmer_RMP\src\hmmscan.exe"

   → 如果返回 False，说明路径错误。

2. 文件名是否正确：

   • 确保程序叫 hmmscan.exe，而不是 hmmscan（不含扩展名）。

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总结

✅ 推荐方法：

perl pfam_scan.pl -fasta fixed.fa -dir hmm -out results.txt -hmmscan "F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\5-pfam\hmmer_RMP\src\hmmscan.exe"

• 路径无空格/中文 → 成功率最高！

如果问题未解决，请提供：

• ls "F:\lncRNA\LncRNA_test\LncRNA\nest-do\5-pfam\hmmer_RMP\src"（检查文件是否存在）。
• 完整报错信息。

如果电脑没有此电脑

在 Windows 11 中，”此电脑”（或 “我的电脑”）图标默认是 隐藏 的，但你可以手动将其显示在桌面上。以下是 3 种恢复方法：

方法 1：通过“设置”启用“此电脑”图标
步骤
右键桌面空白处 → 选择 “个性化”。
在右侧找到并点击 “主题”。
向下滚动，找到 “相关设置” → 点击 “桌面图标设置”。
在弹出的窗口中勾选 “计算机（此电脑）”。
点击 “确定”，图标就会出现在桌面上。
✅ 适用于：Windows 11 22H2 及更新版本。