docker插件

无标签
发布日期:   2024-02-04

1，直接打包下docker

我的docker安装路径：C:\Program Files\Docker\Docker
tbtools的插件：F:\Users\user.TBtools

直接用一下tbtools的那个插件CLI Program Wrapper Creator，就是tbtools更新后改名字了！在下图这个位置。

我发现了docker位置，试着打包下，大概率不行。

自己的电脑报错后打开，另一台电脑打不开。说明不行。

2，简单说明为什么不行，

2.1 windows可以使用WSL运行linux脚本

如果你希望在Windows上运行这个脚本，可以使用Windows Subsystem for Linux (WSL) 来模拟Linux环境，然后在WSL中运行脚本。以下是如何在WSL中运行上述Linux脚本的步骤：

  1. 安装WSL:

    • 打开 PowerShell 作为管理员。
    • 运行以下命令来启用WSL功能：
      1
      dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart
    • 完成后，重新启动计算机。

  2. 安装Linux分发版：

    • 打开Microsoft Store，并搜索你喜欢的Linux分发版，比如Ubuntu、Debian、或者其他。
    • 安装所选的分发版。

  3. 初始化WSL：

    • 打开已安装的Linux分发版。
    • 初始化并设置Linux用户帐户和密码。

  4. 在WSL中运行脚本：

    • 将SRA文件和sratoolkit安装到WSL中，或者将它们放在WSL可以访问的共享目录中。
    • 打开WSL终端，并进入SRA文件所在的目录。
    • 使用以下命令运行脚本：
      1
      bash script.sh
      其中，script.sh是你之前创建的脚本文件。

通过这种方式，在WSL中运行脚本，可以使用Linux环境来处理SRA文件，并执行上述脚本来将其转换为FASTQ格式。这是在Windows上处理SRA文件的一种方法，因为SRAToolkit通常是为Linux设计的。

2.2 另外一种就是docker

Windows Subsystem for Linux (WSL) 与 Docker 有一些相似之处，因为它们都是用于在Windows操作系统上运行Linux应用程序的工具，但它们的工作方式和目的略有不同。

  1. WSL (Windows Subsystem for Linux):

    • WSL是微软开发的一种技术，允许在Windows系统上运行一个完整的Linux内核，从而使用户能够在Windows中使用Linux命令行工具和应用程序。
    • WSL提供了与本地Windows文件系统的集成，允许在Linux环境中访问和操作Windows文件。
    • WSL不需要虚拟机或容器，它是通过虚拟文件系统进行实现的。
    • 适用于运行基于Linux的工具和应用程序，以及进行开发和测试。

  2. Docker:

    • Docker是一种容器化平台，允许你将应用程序及其依赖项打包成容器，然后在任何支持Docker的操作系统上运行这些容器。
    • Docker容器是隔离的，具有自己的文件系统和运行时环境，但与主机操作系统共享内核。
    • Docker容器是独立的，可移植的应用程序单元，允许开发人员轻松部署和运行应用程序，无论目标操作系统如何。
    • Docker适用于将应用程序和微服务打包、部署和管理。

总结来说，WSL主要用于在Windows系统上模拟Linux环境以运行Linux工具和应用程序，而Docker主要用于容器化应用程序以便在不同环境中轻松部署和运行。虽然它们都有一些重叠的用途，但其重点和实现方式不同。如果你需要在Windows上运行Linux应用程序，可以使用WSL，而如果需要容器化应用程序，则可以使用Docker。

3，问：我有一个软件，功能是可以打包软件，比如一个文件夹里有一个exe可执行文件，然后我输exe文件和exe文件所处的文件夹，就能把这个打包成一个插件，我能不能把docker desktop打包成插件呢？

将Docker Desktop或任何其他软件打包成插件，需要考虑几个关键因素：

  1. 软件许可协议：首先，必须确保对Docker Desktop或任何其他软件的使用遵守其许可协议。Docker Desktop的使用受其许可协议的约束，这可能限制了软件的重新分发、修改或打包的方式。

  2. 技术可行性：Docker Desktop不仅是一个可执行文件，它包括多个组件和服务，这些服务在系统级运行以支持容器化应用程序。这意味着简单地将其可执行文件和相关文件打包可能不足以让Docker Desktop正常运行。它的安装和运行可能需要更深层次的系统集成，比如对操作系统服务的安装和配置。

  3. 依赖性和环境：Docker Desktop依赖于特定的系统环境和配置（例如，Windows上的Hyper-V或WSL2，MacOS上的特定虚拟化框架）。将其打包为插件可能需要包含这些依赖关系和配置过程，这可能是复杂且难以实现的。

  4. 更新和维护：即使能够将Docker Desktop打包成插件，也需要考虑如何处理软件更新和维护。Docker Desktop定期发布更新以修复安全问题、添加新功能和改进性能。打包成插件的方式可能会使更新过程变得复杂。

如果你的目标是简化Docker Desktop的安装和部署，可能有其他途径可以探索，例如创建自动化脚本来执行标准安装步骤，而不是尝试将其转换成一个独立的插件形式。

在考虑是否可以或应该这样做之前，建议详细阅读Docker Desktop的许可协议，并可能咨询法律专业人士。此外，探索技术解决方案时，考虑到Docker和其社区可能已经提供了一些部署和管理Docker环境的工具和最佳实践，这些可能更适合你的需求。

4， 研究下那个付费的插件

SRA批量下载及转为Fastq格式的，我有这个插件

4.1首先在linux中，想使用fastq-dump,要按照下面这样

https://www.jianshu.com/p/8322e00a9f8a

SRA格式转化
sra转化为fastq文件可以使用sratoolkit中的fastq-dump命令。

fastq-dump –split-3 filename其中–split-3参数代表着如果是单端测序就生成一个 、.fastq文件，如果是双端测序就生成_1.fastq 和*_2.fastq 文件。

进入到sra文件中我们可以用下述代码进行批量的格式转化：

for i in *sra
do
echo $i
/path/sratoolkit.2.3.5-2-mac64/bin/fastq-dump –split-3 $i
done

4.2 在tbtools插件中，直接解压

4.3 我有一个SRA批量下载及转为Fastq格式的插件，我直接解压，解压后一个为bin文件夹，里面有两个文件，fastq-dump-orig与fastq-dump-orig.exe，另外一个为Plugin_SRAtoFastq.jar，

这个插件安装后可以界面化

A little wrapper of NCBI SRA Toolkits.
This wrapper could only convert .sra files to .fastq files.

能输入sra文件，然后转换成fastq文件。

这个插件的结构反映了它的设计目的，即提供一个界面化工具来批量下载SRA数据并将其转换为FASTQ格式。以下是插件结构的详细解释：

bin文件夹

  • 目的： 通常，bin文件夹包含二进制文件，即程序执行文件。在这种情况下，它包含了插件运行所需的核心工具。
  • 内容：
    • fastq-dump-orig：这是fastq-dump工具的一个版本，用于Linux或Unix系统。fastq-dump是NCBI SRA Toolkit的一部分，用于将SRA文件转换为FASTQ格式，后者是生物信息学分析中常用的一种格式。
    • fastq-dump-orig.exe：这是fastq-dump工具的Windows可执行版本。.exe扩展名表明它是为Windows操作系统设计的。

Plugin_SRAtoFastq.jar

  • 目的： 这是一个Java归档文件（JAR），包含了插件的界面和逻辑。JAR文件是一种打包Java类文件（.class文件）和与应用程序相关的资源文件（如文本、图片等）的方式。它可以被Java运行时环境作为一个单一请求执行。
  • 功能： 此JAR文件可能提供了一个图形用户界面（GUI），使用户能够方便地选择要下载和转换的SRA文件，无需直接与命令行交互。界面背后，它调用bin文件夹中的fastq-dump-orig或fastq-dump-orig.exe来执行实际的文件转换。

使用流程

  1. 启动JAR文件： 用户通过Java运行Plugin_SRAtoFastq.jar，启动图形界面。
  2. 操作界面： 通过图形界面，用户可以指定想要下载和转换的SRA文件。
  3. 后端处理： 用户提交请求后，插件背后的逻辑将调用bin目录下的相应fastq-dump版本来处理SRA文件，将其转换为FASTQ格式。

结构总结

这个插件的结构设计旨在简化生物信息数据处理的流程，特别是将SRA格式数据转换为更通用的FASTQ格式。通过提供一个易于使用的图形界面（由Plugin_SRAtoFastq.jar提供），它降低了技术门槛，允许用户不必直接使用命令行工具（fastq-dump-orig和fastq-dump-orig.exe）也能完成数据转换工作。

4.4 逆向一下

如果你已经获得了作者的允许去查看和学习这些程序的代码，那么这是一个很好的学习机会。不过，基于你提到的文件类型（fastq-dump-orig、fastq-dump-orig.exe和Plugin_SRAtoFastq.jar），这里有一些方法和工具可以帮助你开始。

查看和学习Java程序（.jar文件）

对于Plugin_SRAtoFastq.jar文件，由于它是一个Java归档文件，你可以使用一些特定的工具来查看里面的类文件：

  1. JD-GUI：这是一个流行的Java反编译器，可以让你查看.jar文件中的源代码。你可以用它来打开.jar文件，浏览里面的类结构，并查看反编译的代码。

  2. JADX：这是一个能够将Dalvik字节码（用于Android应用）转换为Java源代码的工具，但它也可以作为一个通用的Java反编译器使用。JADX提供了一个图形用户界面（GUI）和命令行工具，可以用来查看.jar和.class文件。

查看和分析可执行文件（fastq-dump-orig和fastq-dump-orig.exe）

对于可执行文件（无论是Linux/Unix的二进制文件还是Windows的.exe文件），你可以使用一系列不同的逆向工程工具来分析它们：

  1. Ghidra：这是由美国国家安全局（NSA）开发的一个软件逆向工程工具套件。它提供了反编译功能，可以将可执行文件转换回更易于理解的高级代码形式。Ghidra适用于多个平台，包括Windows、Linux和Mac。

  2. IDA Pro：这是一个非常强大的逆向工程工具，广泛用于安全研究和恶意软件分析。IDA Pro支持多种架构和操作系统下的可执行文件。它提供了图形用户界面和大量的插件，以支持不同的逆向工程任务。

  3. Radare2：这是一个开源的逆向工程框架，提供了丰富的工具链来处理各种文件类型（包括二进制文件和可执行文件）。它是命令行工具，适合那些喜欢在终端中工作的用户。

开始之前

  • 备份文件：在开始之前，确保备份所有文件，以免在分析过程中意外修改或损坏原始文件。
  • 获取必要的权限：即使你已经得到了查看代码的许可，也确保你了解并遵守所有相关的法律和协议条款。
  • 学习基础：如果你不熟悉Java编程或逆向工程的基础知识，开始之前先学习这些知识会很有帮助。

通过使用这些工具和方法，你可以开始学习和分析这些程序的工作原理。记住，逆向工程是一个复杂但有趣的过程，需要时间和耐心来掌握。祝你学习顺利！

http://java-decompiler.github.io/

4.5 下载jd-gui，逆向

http://java-decompiler.github.io/

一个文件SRAtoFastq.ConvertSRAtoFastq.class，代码：

package SRAtoFastq;

import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;
import toolsKit.SystemCommander;
import toolsKit.getProgramPath;

public class ConvertSRAtoFastq {
public static void process(File inSRA, File outDir) throws IOException, InterruptedException {
String wkDir = inSRA.getParentFile().getAbsolutePath();
String bin = getProgramPath.getJarRealPath(ConvertSRAtoFastq.class) + File.separator + “bin”;
if (!(new File(bin)).exists())
throw new IOException(“ConvertSRAtoFastq is broken, please re-install it.”);
for (File curFile : (new File(bin)).listFiles())
curFile.setExecutable(true);
SystemCommander sc = new SystemCommander();
ArrayList commandArr = new ArrayList();
commandArr.add(“fastq-dump-orig –split-3 .” + File.separator + inSRA.getName());
System.err.println(“commandArr:” + commandArr);
sc.setCrossPlatformCommand(commandArr);
sc.excuteCommandsAndOutputStdOrSte(wkDir, bin);
}
}

这段Java代码定义了一个用于将SRA文件转换为Fastq格式文件的类，命名为ConvertSRAtoFastq，位于SRAtoFastq包中。下面是对代码中主要部分的解释：

  1. 包和导入：

    • package SRAtoFastq;：这行指定了当前类属于SRAtoFastq包。
    • 导入了几个Java类，包括File, IOException, ArrayList等，以及toolsKit包中的SystemCommander和getProgramPath类。这些导入使得代码可以使用文件操作、异常处理、集合框架、以及toolsKit包提供的功能。

  2. 类定义：

    • public class ConvertSRAtoFastq：定义了一个公开的类，名为ConvertSRAtoFastq。

  3. 方法定义：

    • public static void process(File inSRA, File outDir)：这是一个静态方法，接受两个参数：inSRA（输入的SRA文件）和outDir（输出的目录），并且可能抛出IOException和InterruptedException异常。这个方法是类的主要工作方法，用于处理SRA到Fastq的转换。

  4. 工作目录和二进制文件目录的确定：

    • 方法内部首先获取输入SRA文件的父目录作为工作目录（wkDir）。
    • 接着，通过getProgramPath.getJarRealPath(ConvertSRAtoFastq.class)获取当前类所在JAR文件的绝对路径，然后添加上File.separator + "bin"来定位到bin目录。这个目录被假设为包含了转换所需的执行文件。

  5. 检查和设置执行权限：

    • 检查bin目录是否存在，不存在则抛出IOException。
    • 遍历bin目录下的所有文件，并将它们设置为可执行，这是为了确保转换工具（如fastq-dump-orig）能被正常执行。

  6. 构建并执行转换命令：

    • 使用ArrayList<String>构建命令行指令，指令中包含了fastq-dump-orig --split-3和输入SRA文件的名称，其中--split-3参数是指生成分离的3个文件（如果适用）。
    • 输出构建的命令行指令以供调试。
    • 使用SystemCommander类的实例执行命令，SystemCommander是toolsKit包提供的一个工具类，用于跨平台执行系统命令并捕获输出。
    • 执行的命令将在bin目录下执行，并以输入文件的父目录作为工作目录。

这段代码的主要功能是自动化地将SRA格式的生物序列数据文件转换为更通用的Fastq格式，它通过调用外部工具（假设为fastq-dump-orig）来完成这一任务。需要注意的是，这个过程依赖于外部工具的可执行文件以及这些文件的执行权限设置。
另一个文件SRAtoFastq.ConvertSRAtoFastqGUIPanel.class代码

package SRAtoFastq;

import biocjava.GUIexcutors.TBtools;
import java.awt.dnd.DropTarget;
import java.awt.dnd.DropTargetListener;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.event.ActionListener;
import java.io.File;
import java.util.logging.Level;
import java.util.logging.Logger;
import javax.swing.BorderFactory;
import javax.swing.GroupLayout;
import javax.swing.JButton;
import javax.swing.JFileChooser;
import javax.swing.JLabel;
import javax.swing.JOptionPane;
import javax.swing.JPanel;
import javax.swing.JScrollPane;
import javax.swing.JTextArea;
import javax.swing.LayoutStyle;
import toolsKit.GUItools.DragDropMultiFilePathListener;
import toolsKit.GUItools.MyPopupMenu;

public class ConvertSRAtoFastqGUIPanel extends JPanel {
private String curDir = “.”;

private JButton InputSRAFileListButton;

private JTextArea InputSRAFileListTextArea;

private JButton StartButton;

private JLabel jLabel1;

private JPanel jPanel1;

private JPanel jPanel3;

private JScrollPane jScrollPane1;

private JScrollPane jScrollPane2;

private JTextArea jTextArea1;

public ConvertSRAtoFastqGUIPanel() {
initComponents();
this.StartButton.setBackground(TBtools.blueColor);
this.InputSRAFileListTextArea.setDropTarget(new DropTarget(this, 1073741824, (DropTargetListener)new DragDropMultiFilePathListener(this.InputSRAFileListTextArea), true));
this.InputSRAFileListTextArea.setDragEnabled(true);
this.InputSRAFileListButton.addActionListener(new ActionListener() {
public void actionPerformed(ActionEvent e) {
JFileChooser jfc = new JFileChooser();
jfc.setFileSelectionMode(0);
jfc.setCurrentDirectory(new File(ConvertSRAtoFastqGUIPanel.this.curDir));
jfc.setMultiSelectionEnabled(true);
jfc.showOpenDialog(ConvertSRAtoFastqGUIPanel.this);
ConvertSRAtoFastqGUIPanel.this.curDir = jfc.getSelectedFile().getPath();
for (File f : jfc.getSelectedFiles())
ConvertSRAtoFastqGUIPanel.this.InputSRAFileListTextArea.append(f.getAbsolutePath() + “\n”);
}
});
this.StartButton.addActionListener(new ActionListener() {
public void actionPerformed(ActionEvent e) {
(new Thread() {
public void run() {
ConvertSRAtoFastqGUIPanel.this.StartButton.setEnabled(false);
try {
String[] filePath = ConvertSRAtoFastqGUIPanel.this.InputSRAFileListTextArea.getText().split(“[\r\n]+”);
for (String curFilePath : filePath) {
File curFile = new File(curFilePath);
if (curFile.exists() && curFile.isFile())
ConvertSRAtoFastq.process(curFile, curFile);
}
JOptionPane.showMessageDialog(null, “All Conversion Finished.”);
} catch (Exception ex) {
Logger.getLogger(ConvertSRAtoFastqGUIPanel.class.getName()).log(Level.SEVERE, (String)null, ex);
} finally {
ConvertSRAtoFastqGUIPanel.this.StartButton.setEnabled(true);
}
}
}).start();
}
});
MyPopupMenu.installToTextComponent(this.InputSRAFileListTextArea);
}

private void initComponents() {
this.jLabel1 = new JLabel();
this.StartButton = new JButton();
this.jPanel1 = new JPanel();
this.jScrollPane1 = new JScrollPane();
this.jTextArea1 = new JTextArea();
this.jPanel3 = new JPanel();
this.jScrollPane2 = new JScrollPane();
this.InputSRAFileListTextArea = new JTextArea();
this.InputSRAFileListButton = new JButton();
this.jLabel1.setFont(this.jLabel1.getFont().deriveFont(this.jLabel1.getFont().getSize() + 9.0F));
this.jLabel1.setText(“Convert SRA to Fastq Files”);
this.StartButton.setText(“Start”);
this.jPanel1.setBorder(BorderFactory.createTitledBorder(“Note:”));
this.jTextArea1.setColumns(20);
this.jTextArea1.setRows(5);
this.jTextArea1.setText(“A little wrapper of NCBI SRA Toolkits.\nThis wrapper could only convert .sra files to .fastq files.”);
this.jScrollPane1.setViewportView(this.jTextArea1);
GroupLayout jPanel1Layout = new GroupLayout(this.jPanel1);
this.jPanel1.setLayout(jPanel1Layout);
jPanel1Layout.setHorizontalGroup(jPanel1Layout
.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addGroup(jPanel1Layout.createSequentialGroup()
.addContainerGap()
.addComponent(this.jScrollPane1)
.addContainerGap()));
jPanel1Layout.setVerticalGroup(jPanel1Layout
.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addGroup(GroupLayout.Alignment.TRAILING, jPanel1Layout.createSequentialGroup()
.addComponent(this.jScrollPane1, -1, 55, 32767)
.addContainerGap()));
this.jPanel3.setBorder(BorderFactory.createTitledBorder(“Set Input .sra File List”));
this.InputSRAFileListTextArea.setColumns(20);
this.InputSRAFileListTextArea.setRows(5);
this.jScrollPane2.setViewportView(this.InputSRAFileListTextArea);
this.InputSRAFileListButton.setText(“…”);
GroupLayout jPanel3Layout = new GroupLayout(this.jPanel3);
this.jPanel3.setLayout(jPanel3Layout);
jPanel3Layout.setHorizontalGroup(jPanel3Layout
.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addGroup(jPanel3Layout.createSequentialGroup()
.addContainerGap()
.addComponent(this.jScrollPane2)
.addPreferredGap(LayoutStyle.ComponentPlacement.RELATED)
.addComponent(this.InputSRAFileListButton, -2, 99, -2)
.addContainerGap()));
jPanel3Layout.setVerticalGroup(jPanel3Layout
.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addGroup(jPanel3Layout.createSequentialGroup()
.addContainerGap()
.addGroup(jPanel3Layout.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addComponent(this.jScrollPane2, -1, 209, 32767)
.addComponent(this.InputSRAFileListButton, -1, -1, 32767))
.addContainerGap()));
GroupLayout layout = new GroupLayout(this);
setLayout(layout);
layout.setHorizontalGroup(layout
.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addGroup(layout.createSequentialGroup()
.addGap(257, 257, 257)
.addComponent(this.jLabel1)
.addContainerGap(273, 32767))
.addGroup(layout.createSequentialGroup()
.addContainerGap()
.addGroup(layout.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addComponent(this.StartButton, -1, -1, 32767)
.addComponent(this.jPanel1, -1, -1, 32767)
.addComponent(this.jPanel3, -1, -1, 32767))
.addContainerGap()));
layout.setVerticalGroup(layout
.createParallelGroup(GroupLayout.Alignment.LEADING)
.addGroup(layout.createSequentialGroup()
.addGap(23, 23, 23)
.addComponent(this.jLabel1, -2, 46, -2)
.addPreferredGap(LayoutStyle.ComponentPlacement.UNRELATED)
.addComponent(this.jPanel1, -2, -1, -2)
.addPreferredGap(LayoutStyle.ComponentPlacement.RELATED)
.addComponent(this.jPanel3, -1, -1, 32767)
.addPreferredGap(LayoutStyle.ComponentPlacement.RELATED)
.addComponent(this.StartButton, -2, 38, -2)
.addContainerGap()));
}
}

第一个文件 SRAtoFastq.ConvertSRAtoFastq.class 的代码是一个Java类，用于将SRA文件转换为Fastq格式。这个过程主要通过以下步骤实现：

  1. 定义包和引入依赖： 代码位于 SRAtoFastq 包中，引入了Java的 File 和 IOException 类，以及自定义的 toolsKit.SystemCommander 和 toolsKit.getProgramPath 类，用于执行系统命令和获取程序路径。

  2. 类定义： ConvertSRAtoFastq 类有一个静态方法 process，接收SRA文件和输出目录作为参数。

  3. 获取工作目录和二进制文件路径： 方法首先获取SRA文件的父目录作为工作目录，然后计算出二进制文件（bin）的路径，这里的二进制文件指的是实际执行SRA到Fastq转换的可执行文件。

  4. 检查二进制文件存在性： 如果二进制文件路径不存在，则抛出 IOException 异常。

  5. 设置二进制文件可执行权限： 遍历bin目录下的所有文件，设置它们为可执行。

  6. 构建并执行命令： 构建一个命令列表，使用 fastq-dump-orig 命令（带有 --split-3 参数）来转换SRA文件。然后，使用 SystemCommander 类执行这些命令，并将输出定向到工作目录和二进制文件所在的目录。

第二个文件 SRAtoFastq.ConvertSRAtoFastqGUIPanel.class 的代码是一个Java类，用于提供一个图形用户界面（GUI），让用户能够通过界面选择SRA文件并启动转换过程。它主要通过以下步骤实现：

  1. 定义包和引入依赖： 代码位于 SRAtoFastq 包中，使用了多个Java Swing组件来构建GUI，以及自定义的工具类和监听器。

  2. 类定义和变量声明： ConvertSRAtoFastqGUIPanel 类继承自 JPanel，声明了多个GUI组件，如按钮、标签、文本区域等。

  3. 构造函数和初始化组件： 在构造函数中初始化GUI组件，并设置相关的事件监听器。例如，为“选择SRA文件列表”按钮添加了动作监听器，用于打开文件选择器让用户选择SRA文件。为“开始”按钮添加了动作监听器，用于启动一个新线程进行文件转换操作。

  4. 文件拖拽支持和开始转换操作： 支持通过拖拽SRA文件到文本区域来添加文件路径。点击“开始”按钮时，将文本区域中列出的文件路径分割为数组，并对每个文件路径执行 ConvertSRAtoFastq.process 方法进行转换。

  5. GUI布局设置： 使用 GroupLayout 来定义面板的布局，包括组件的水平和垂直布局规则。

总之，这两个文件共同提供了一个完整的解决方案，用于将SRA文件转换为Fastq格式，包括后端的转换逻辑和前端的用户交互界面。

简化一下

要简化这两个代码，我们可以合并它们的核心功能，创建一个简单的Java程序，该程序提供命令行界面用于将SRA文件转换为Fastq格式。简化的程序将不包括GUI组件，而是直接通过命令行接受SRA文件路径和输出目录作为参数。这里提供一个简化版本的程序示例：

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class SimpleSRAtoFastqConverter {

    public static void main(String[] args) {
        // 检查参数长度
        if (args.length != 2) {
            System.out.println("Usage: java SimpleSRAtoFastqConverter <inputSRAFilePath> <outputDirectory>");
            System.exit(1);
        }

        File inSRA = new File(args[0]);
        File outDir = new File(args[1]);

        try {
            process(inSRA, outDir);
            System.out.println("Conversion completed successfully.");
        } catch (IOException | InterruptedException e) {
            System.err.println("Error during conversion: " + e.getMessage());
        }
    }

    public static void process(File inSRA, File outDir) throws IOException, InterruptedException {
        // 确保输出目录存在
        if (!outDir.exists()) {
            if (!outDir.mkdirs()) {
                throw new IOException("Could not create output directory: " + outDir.getAbsolutePath());
            }
        }

        // 构建转换命令
        String command = String.format("fastq-dump --split-3 -O %s %s", outDir.getAbsolutePath(), inSRA.getAbsolutePath());
        
        // 执行命令
        Runtime.getRuntime().exec(command);
        System.out.println("Executing command: " + command);
    }
}

如何使用：

  1. 编译Java程序：使用命令javac SimpleSRAtoFastqConverter.java进行编译。
  2. 运行程序：使用命令java SimpleSRAtoFastqConverter <inputSRAFilePath> <outputDirectory>来运行程序，其中<inputSRAFilePath>是你的SRA文件路径，<outputDirectory>是你希望Fastq文件输出的目录。

注意事项：

  • 确保你的环境变量PATH中包含了fastq-dump命令。fastq-dump是NCBI SRA Toolkit的一部分，用于将SRA文件转换成Fastq格式。如果尚未安装，你需要从NCBI网站下载并安装SRA Toolkit。
  • 这个简化的程序假设fastq-dump命令可以在命令行环境中直接调用。如果在你的系统中这不适用，你可能需要修改命令字符串来指定fastq-dump的完整路径。
  • 这个简化版本没有处理所有可能的错误情况，例如输入文件不存在或输出目录无法创建。在实际使用中，你可能需要增加更多的错误检查和处理逻辑。

接着看bin里面的文件

大小不一样
来自下面
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

win软件下载：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

我想看里面的代码

下载Radare2

要使用Docker拉取Radare2镜像并分析fastq-dump-orig.exe文件，你可以按照以下步骤操作：

  1. 拉取Radare2 Docker镜像：
    打开命令行（CMD或PowerShell），执行以下命令来拉取Radare2的官方Docker镜像：

    1
    docker pull radare/radare2

    这条命令会从Docker Hub下载Radare2的最新镜像到你的机器上。

  2. 运行Radare2 Docker容器并挂载目录：
    为了分析位于C:\Users\Administrator\Desktop\docker学习\SRAtoFastq_v1\SRAtoFastq\bin\fastq-dump-orig.exe的文件，你需要在运行Docker容器时将该文件所在的目录挂载到容器内部。这样，容器内的Radare2就可以访问并分析该文件了。

    执行以下命令运行Radare2容器并挂载目录：

    1
    docker run -it --rm -v C:/Users/Administrator/Desktop/docker学习/SRAtoFastq_v1/SRAtoFastq/bin:/data radare/radare2 radare2 /data/fastq-dump-orig.exe

    这条命令做了几件事：

    • -it 选项让Docker以交互模式运行，并分配一个伪终端。
    • --rm 选项意味着容器在退出时会自动删除，不会留下任何残留数据。
    • -v 选项用于挂载本地目录到容器内部，C:/Users/Administrator/Desktop/docker学习/SRAtoFastq_v1/SRAtoFastq/bin是本地路径，/data是容器内的挂载点。
    • radare/radare2 是Docker镜像的名称。
    • radare2 /data/fastq-dump-orig.exe 是在容器内执行的命令，用于启动Radare2并打开fastq-dump-orig.exe进行分析。

请注意，由于Docker在Windows上的路径表示和Linux稍有不同，所以在挂载卷的路径中使用Windows路径时，需要按照Docker的规则调整路径格式（如示例中的C:/Users/...而不是C:\Users\...）。

  1. **分析fastq-dump-orig.exe**：
    一旦容器运行并且Radare2启动，你就可以使用Radare2的各种命令来分析fastq-dump-orig.exe文件了。Radare2是一个非常强大的逆向工程工具，拥有广泛的功能，包括静态分析、动态分析、图形化界面等。你可能需要参考Radare2的官方文档或在线教程来学习如何使用这些功能。

以上步骤展示了如何通过Docker运行Radare2来分析Windows可执行文件。这种方式的好处是不需要在本地直接安装Radare2，通过Docker容器可以隔离环境，避免可能的依赖冲突，并且容易清理和管理。

不好分析，插件要java，项目，了解之间的关系，要用很长的时间，不如用docker。

docker linux

是的，使用 Docker 运行 GATK 是一个非常好的选择，尤其是当你遇到环境依赖问题时，比如 Java 版本不匹配的情况。Docker 可以帮助你快速部署一个包含了所有必需依赖的隔离环境，从而避免直接在你的系统上安装不同版本的 Java。

Broad Institute 提供了 GATK 的官方 Docker 镜像，你可以使用这些镜像来运行 GATK，而无需担心 Java 版本或其他依赖项的问题。以下是如何使用 Docker 运行 GATK 的大致步骤：

1. 安装 Docker

首先，确保你的 Linux 系统已经安装了 Docker。如果还没有安装，你可以访问 Docker 官网 获取安装指南。

2. 拉取 GATK 的 Docker 镜像

打开终端，使用以下命令来拉取 GATK 的官方 Docker 镜像：

1
docker pull broadinstitute/gatk:[tag]

这里的 [tag] 是你希望使用的 GATK 版本的标签。例如，如果你想使用 GATK 4.4.0.0 版本，你可以查找对应的标签在 Docker Hub 上的 GATK 镜像页面。

3. 使用 Docker 运行 GATK

一旦镜像被拉取到你的机器上，你可以使用 docker run 命令来运行 GATK。例如，运行 GATK 的 -h 帮助命令：

1
docker run -it --rm broadinstitute/gatk:[tag] gatk -h

如果你需要处理本地文件（例如，读取或写入 VCF 文件、参考基因组文件等），你需要将这些文件挂载到 Docker 容器中。你可以使用 -v 参数来挂载本地目录到容器内部。例如：

1
docker run -it --rm -v /path/to/your/data:/data broadinstitute/gatk:[tag] gatk -F /data/your-file.vcf ...

这里的 /path/to/your/data 是你的本地目录路径，/data 是容器内的挂载点。这样，容器内的 GATK 就可以访问到挂载目录中的文件了。

总结

使用 Docker 运行 GATK 可以显著简化环境配置过程，特别是对于涉及多个复杂依赖的生物信息学工具。通过使用官方提供的 Docker 镜像，你可以确保 GATK 运行在一个预配置且包含所有必需依赖的环境中，避免了直接在主机系统上安装和配置这些依赖的麻烦。

文章作者: 花粱
文章链接: https://wplfge3.github.io/2024/02/04/docker%E6%8F%92%E4%BB%B6/
版权声明: 本博客所有文章除特別声明外，均采用 CC BY 4.0 许可协议。转载请注明来源 花粱 !
无标签
赏
  目录