转录组上游自动化分析软件 · 完整图文教程

00开始之前（必读）

软件是 Windows 桌面程序，解压即可运行，但下面三条请务必先确认，否则很容易在中途报错。

01软件界面

双击运行程序后会先弹出服务承诺窗口。窗口里写明了我们的服务范围，也列出了两位联系人与售后 QQ 群。 建议在继续之前，先加上两位联系人或加入售后群，这样后续咨询与排查都能第一时间找到人。

确认信息后点击右下角的 「我已了解并继续」 进入软件主体界面。

启动窗口 · 我们承诺提供服务

启动窗口底部可直接「复制全部联系方式」；确认后点「我已了解并继续」进入软件。

02手动流程参考视频

软件分为 手动流程 与 自动任务 两个页签。本文主要讲解自动任务；如果你想逐步手动执行、或需要单独使用某个功能，可以参考下面两个视频。

03正版服务与售后

软件不含激活码系统，打开即用 —— 不需要机器码，也没有任何验证步骤。我们要做的，只是为使用正版的用户提供服务。

我们承诺提供的服务

1. 教程与更新：软件使用教程、版本更新与常见问题都在持续维护。
2. 报错排查：跑不通、报错、结果异常，都可以把日志发给我们一起看。
3. 使用咨询：参数怎么填、流程怎么选、结果怎么解读，随时来问。

04自动任务使用界面

自动任务页签分为左右两块：左侧是 任务参数，右侧是 执行队列。用法很简单 —— 输入一次，按所选阶段顺序自动执行。

RNA-Seq 一键式运行 · 自动任务

左边填参数，右边勾阶段；点「开始自动运行」即可。

参数一览

• 测序类型：双端 / 单端，按数据实际情况选择。
• SRR 登录号：多个登录号用空格或逗号分隔；已有 FASTQ 时可留空。
• 已有数据目录：可包含 SRA / FASTQ / SAM / BAM。
• 任务工作目录：所有阶段结果与中间文件的输出根目录。
• 参考基因组 FASTA：.fasta / .fa。
• 已有 HISAT2 索引前缀：跳过构建时使用。
• 参考注释 GTF：.gtf。
• 线程数 / 每片 reads / 平均读长：影响运行速度与资源占用。

05输入三种文件

自动任务需要准备三种文件。以本示例（单端数据）为例，它们放在同一个目录里：

示例目录

示例：参考基因组、注释、程序与 FASTQ 放在同一个纯英文目录下。

（1）FASTQ 文件

公司一般提供的就是 FASTQ 文件；也可以在网页里自行下载 FASTQ 文件（若下载到的是 SRA，见文末 附注）。 此时在队列里选择「从第 2 步」开始即可，不需要重新下载与转换。

单端 · 一个样品一个文件

单端：SRR4029463.fastq、SRR4029464.fastq

双端 · 成对文件

双端：SRR33450369_1.fastq、SRR33450369_2.fastq

（2）基因组序列

物种参考基因组序列文件，格式为 .fasta 或 .fa。

（3）基因注释

与基因组配套的注释文件，格式为 .gtf。

06选择单端或双端

通过选择软件中的单端 / 双端开关，来决定使用哪种模式。模式决定程序如何识别和读取测序文件：

• 双端：读取成对的 _1.fastq 与 _2.fastq；SRA 转换时也会生成分开的两个文件。
• 单端：一个样品对应一个 FASTQ 文件。

双端模式 + 从第 2 步

示例：双端模式，SRR 登录号 SRR6116049，并点选「从第 2 步」。

07逐步操作（标注图）

下图是教程原图，箭头与编号依次对应下面的操作顺序。以「已有 FASTQ」为例：

操作步骤标注图（教程原图）

教程原图：红框为「从第 2 步」，其余箭头依次对应数据目录、工作目录、FASTA、索引前缀、GTF、线程数与执行。

操作顺序

1. 点击「从第 2 步」 —— 跳过下载与转换，直接从质检开始。
2. 选择 .fastq 文件所在的文件夹 —— 填入「已有数据目录」。
3. 新建一个空文件夹作为任务工作目录 —— 教程示例中新建了空的 test 文件夹。
4. 输入参考基因组 FASTA 文件 —— 例如 F:\Easy-RNA-seq\GallsusGRCg7b.dna.fasta。
5. 填写已有 HISAT2 索引前缀 —— 可随意命名，例如 gallus。
6. 输入参考基因组注释文件（GTF） —— 例如 F:\Easy-RNA-seq\GallsusGRCg7b.gtf。
7. 适当选择线程数 —— 教程示例填 10。
8. 点击「开始自动运行」 —— 程序自动按队列执行，日志区实时回显命令与进度。

08运行与结果

点击执行后程序会自动化执行，自动得到结果。跑完会弹出提示 「所选流程已全部完成」，并给出结果目录路径。

自动化执行完成

弹窗提示流程已全部完成，并显示结果目录；日志区保留每一步的命令与完成标记。

最终得到表达矩阵

结果位于任务工作目录下的 10_results，表达矩阵在 expression 子目录中，共六张表：

10_results / expression

gene / transcript 两级 × counts / FPKM / TPM，均为 CSV。

谢谢您的使用和认可！

09附注：SRA 下载并转换 FASTQ

下载到的 sra 文件需要转换成 FASTQ 才能进入分析。做法是：选择手动流程的第一步（Step1 下载 SRA 并转换 FASTQ）， 在窗口里输入样品对应的 SRR 号、选择输出文件夹，程序即可自动下载并转换 —— 速度快慢一般与网速相关。

SRA 转 FASTQ（双端）

双端模式会生成分开的 _1.fastq 与 _2.fastq 文件。

使用要点

• 在网页的 Run 列表 查找 SRR 登录号；软件主要下载和处理 SRR 对应的 .sra 文件。
• 多个登录号之间用空格分隔，例如 SRR6116751 SRR6116752。
• 本地 SRA 文件夹会自动扫描，可用「重新扫描 / 全选 / 清空选择」管理待处理文件。
• 在线下载的原始文件会保存在输出文件夹的 sra_downloads 子文件夹中。

转换进行中

日志区回显实际执行的 prefetch / fasterq-dump 命令与进度。

转换完成后，把输出目录填进自动任务的「已有数据目录」，点 「从第 2 步」 即可继续自动化处理。

10视频教程汇总

视频教程可能比文字教程更详细，建议对照着看。

11联系方式与售后

报错排查、使用咨询、版本更新都可以直接联系我们，会提供完整售后服务，不会二次收费。